หลักสูตรในระดับปริญญาโท-เอกของคณะพาณิชยศาสตร์และการบัญชี มหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์ เป็นที่ยอมรับกันว่าเป็น หลักสูตรที่ดีเทียบเท่ามหาวิทยาลัยทางด้านบริหารธุรกิจชั้นนำของโลก

การเป็นมหาวิทยาลัยเพียงแห่งเดียวของประเทศไทยที่ได้รับการยอมรับให้เข้าร่วมโครงการ PIM (Partnership in International Management) ซึ่งเป็น โครงการแลกเปลี่ยนนักศึกษาระหว่างมหาวิทยาลัยที่เป็นสมาชิกกว่า 60 แห่ง สะท้อนถึงมาตรฐานที่ดีเทียบเท่ากัน นักศึกษาที่ศึกษาในระดับปริญญาโทของคณะฯ จึงมีโอกาสที่จะได้ไปศึกษาในมหาวิทยาลัยต่าง ๆ เหล่านี้

นอกจากนี้ คณะฯ ยังได้เป็นที่ยอมรับว่าเป็นผู้นำด้านหลักสูตรปริญญาโท-เอก ซึ่งจะเห็นได้จากการที่คณะฯ เป็นสถาบันการศึกษาแห่งแรก ที่ริเริ่มให้มีการเรียนการสอนในหลักสูตรต่าง ๆ คือ MBA XMBA MBA-HRM MRE MAP MSMIS MiM MIF GEMBA Ph.D. นั่นย่อมสะท้อนถึง ความคิดสร้างสรรค์และการไม่ยอมหยุดนิ่งในการพัฒนาหลักสูตรให้ทันต่อสภาพแวดล้อมทางธุรกิจที่เปลี่ยนแปลงตลอดเวลา